Les forces de l'armée avaient été largement déployées en prévision de la manifestation, selon un journaliste de l'AFP.
Des barricades et des fils de fer barbelés avaient été placés sur les routes menant au QG de l'armée, lieu d'un sit-in pendant le mouvement de contestation anti-Béchir en 2019.
Plus d'une centaine de personnes ont scandé des slogans hostiles au gouvernement, brûlant des voitures, selon des témoins.
La police anti-émeute, qui avait fermé les ponts du centre-ville, a tiré des gaz lacrymogène pour disperser les manifestants.
Un protestataire de 20 ans a été tué par balle par la police dans la partie orientale de la capitale, a indiqué dans un communiqué le comité des médecins.
Le comité a dénoncé une "violence extrême" de la part des forces de l'ordre et fait état de 14 blessés, dont certains dans un état grave, ainsi que des cas de suffocation en raison du gaz lacrymogène.
Les manifestants, dans la capitale Khartoum et dans sa ville voisine d'Omdurman, avaient également demandé justice pour les personnes tuées lors du soulèvement populaire qui a renversé en avril 2019 l'autocrate Omar el-Béchir.
Après sa chute, une autorité de transition composée de militaires et de civils a été mise en place pour préparer des élections.
Elle fait face à une sévère crise économique et à une détérioration des conditions de vie dans un pays miné par le chômage et la chute de la monnaie nationale.
"Les gens passent leur journée à courir après le pain et l'essence" avait ajouté le groupe, déjà fer de lance du mouvement de contestation inédit l'année dernière.
Depuis la mise en place du gouvernement de transition, le dollar est passé de 50 à 240 livres soudanaises sur le marché noir, entraînant une hausse des prix considérable dans un pays qui dépend énormément des importations.
En décembre 2018, le triplement du coût du pain décidé par le gouvernement de M. Béchir, aujourd'hui arrêté et jugé, avait été le déclencheur de la révolte populaire.