La Cour a indiqué que cette décision était due à une clause "inacceptable" qui empêchait la modification de l'accord pendant une décennie.
"Nous avons décidé d'annuler l'accord sur le gaz à cause de cette clause de stabilité", a affirmé la Cour, précisant qu'elle donnait au Parlement un an pour l'amender.
Benjamin Netanyahu était allé devant la Cour suprême en février pour défendre l'accord, une première dans l'histoire d'Israël.
"L'accord actuel n'a pas d'alternative et s'il n'est pas approuvé, cela aura des conséquences négatives pour le pays", avait-il plaidé devant les juges.
Mais les détracteurs de l'accord signé avec les groupes américain Noble Energy et israélien Delek Drilling estiment qu'il favorise les intérêts des deux compagnies aux dépens des consommateurs. Ils ont demandé à la Cour Suprême de le bloquer, dénonçant également des manoeuvres du Premier ministre pour contourner la législation antimonopole.
Le chef de l'opposition israélienne Isaac Herzog s'est félicité dimanche d'une décision de justice "correcte et courageuse".
M. Netanyahu, grand défenseur de l'accord, considère lui cette décision comme "une grave menace au développement des réserves de gaz d'Israël".
"Personne n'a des raisons de célébrer le fait que du gaz pourrait rester au fond de la mer et que des centaines de milliards de shekels ne reviennent pas aux citoyens israéliens", a déclaré M. Netanyahu cité dans un communiqué.
Le ministre de l'Energie Yuval Steinitz a quant à lui déploré une décision "pitoyable" qui va nuire "à l'économie, la sécurité énergétique et le développement gazier" du pays et provoquer des "pertes de revenus à Israël et à ses citoyens".
La ministre de la Justice Ayelet Shaked a qualifié le verdict de la Cour de "sommaire".
"Il est inacceptable que le gouvernement porte la responsabilité de la prospérité de l'Etat mais n'ait pas l'autorité pour agir", a-t-elle affirmé dans un communiqué.
Le consortium composé de l'Israélien Delek et de l'Américain Noble Energy qui devait au terme de l'accord exploiter le gisement de gaz offshore Léviathan, le plus important parmi ceux découverts ces dernières années au large des côtes israéliennes, reste toutefois optimiste.
"La Cour a accepté dans son jugement tout l'accord gazier excepté la clause de stabilité", a-t-il indiqué dans un communiqué.
"Les juges ont également compris la nécessité (...) de créer les conditions qui rendront possible les investissements indispensables à la recherche et au développement des réserves de gaz", a poursuivi le consortium.
Les découvertes de gaz au large d'Israël ont fait entrevoir l'indépendance énergétique à un pays lourdement tributaire de l'étranger en la matière.
Un premier accord entre le gouvernement, Noble Energy et Delek Drilling avait été remis en cause en décembre 2014 par l'autorité de la concurrence.
Malgré les réserves de cette autorité, un avis négatif d'une commission parlementaire et une manifestation ayant réuni des milliers d'Israéliens dénonçant le "vol" du gaz par des grands groupes privés, M. Netanyahu avait signé un nouvel accord le 17 décembre 2015.
Le consortium Delek-Noble exploite depuis 2013 le gisement offshore de Tamar, à environ 80 kilomètres au large de Haïfa.
Le nouvel accord règlemente l'exploitation, prévue en août 2019, du vaste champ de Leviathan, au large des côtes.
Avec AFP