La Renamo a affirmé que des fraudes avaient eu lieu dans certains bureaux de vote, ajoutant que la police était de parti pris. Le Frelimo a été accusé pour sa part de violences et d'intimidation pendant la campagne.
La journée a été calme en général, mais la police a tiré pour disperser des électeurs qui disent ne pas avoir pu voter dans trois bureaux de vote.
La Renamo participe pour la première fois depuis dix ans à des élections municipales.
Après avoir glissé son bulletin dans l'urne mercredi, le président mozambicain Filipe Nyusi a "exhorté tous les Mozambicains de Rovuma (nord) à Maputo, et de Zumbo (nord-ouest) à l'océan Indien à adhérer au processus" électoral. "Ces élections ont bien lieu et sont le résultat du sacrifice de tout le peuple mozambicain".
La tenue des élections municipales avait un temps été menacée par des tensions entre le gouvernement et la Renamo, ancienne guérilla transformée en parti politique à la fin de la guerre civile (1976-1992).
"Ce que j'attends de ces élections est un accès à l'électricité, à l'eau et le ramassage des ordures. Et puis aussi que les citoyens aient du travail", a expliqué un électeur sans emploi, Azano Acito, à Maputo, alors que le pays est englué dans de graves difficultés financières.
Ces élections ont plus qu'un caractère politique. Elles constituent un test du processus de paix en cours après trois années de violences (2013-2016).
La Renamo avait repris les armes en 2013 pour dénoncer la mainmise absolue du Frelimo sur le pays depuis son indépendance en 1975.
Le président Nyusi et le nouveau chef de la Renamo, Ossufo Momade, ont récemment fait état de progrès dans le désarmement et l'intégration des anciens rebelles de la Renamo dans la police et l'armée - un point clé des pourparlers de paix.
Les deux camps ont aussi convenu d'une importante réforme sur la décentralisation.
Avec AFP
