La cérémonie religieuse s'est tenue dans la mosquée historique Fatih, située sur la rive européenne de la mégalopole turque, rassemblant plusieurs milliers de personnes, certaines en larmes, selon un journaliste de l'AFP.
Cette prière symbolique a été organisée par la Direction des Affaires religieuses en Turquie (Diyanet) qui a appelé les principales mosquées du pays à organiser de telles cérémonies mardi.
Mahmoud Hussein, un responsable des Frères musulmans dont était issu Morsi, l'opposant égyptien Ayman Nour, ainsi que de nombreux membres de la diaspora égyptienne à Istanbul étaient présents à la prière à la mosquée Fatih.
"Morsi est le président de l'Egypte, pas Sissi", a déclaré Mokhtar al-Achri, un Egyptien installé en Turquie depuis cinq ans, en référence à l'actuel président égyptien Abdel Fattah al-Sissi, qui a renversé Morsi en 2013. "Sissi est un tueur, un meurtrier", a-t-il ajouté.
"Nous espérons que la résistance dont a fait preuve Morsi jusqu'à ce qu'il tombe en martyr (...) servira d'exemple pour le monde musulman", a dit à l'AFP Ishak Saglam, dirigeant d'un parti islamiste turc, Hüda Par, lors de la cérémonie à la mosquée Fatih.
Une deuxième prière spéciale doit avoir lieu vers 14H00 GMT dans la même mosquée en présence du président Erdogan.
Lors d'un discours à Istanbul mardi, M. Erdogan s'en est pris à l'"Occident" qu'il accuse d'avoir assisté passivement "au renversement de Morsi par un putsch, à ses souffrances en prison et à sa mort".
Immédiatement après l'annonce de sa mort lundi, M. Erdogan avait rendu hommage au "martyr" Morsi et accusé les "tyrans" au pouvoir en Egypte d'être responsables de sa mort.
Les relations entre la Turquie et l'Egypte sont quasiment non-existantes depuis que l'armée égyptienne, alors dirigée par Abdel Fattah al-Sissi, a renversé le président Morsi.
