L’organisation de défense des droits fondamentaux basée à Londres n’y est pas allée de main-morte cette année dans ses critiques contre le gouvernement américain. Elle accuse notamment Washington de négliger la protection des droits humains dans son zèle à combattre le terrorisme.
Le rapport 2006 d’Amnesty cite à titre de preuve la détention, sans jugement, par les autorités américaines, de milliers de suspects en Irak, en Afghanistan, à la base de Guantanamo à Cuba et dans ce qui est qualifié de « prisons secrètes » ailleurs dans le monde. Le document mentionne les informations faisant état de décès inexpliqués de prisonniers et de cas de torture ainsi que de mauvais traitement dans les centres de détention. Amnesty note à ce propos que seuls des militaires de rang subalterne ont été jugés pour violation des droits des détenus.
L'ONG critique Washington pour ce qu’elle qualifie de refus persistant du gouvernement américain de demander des comptes à des hauts gradés dans cette affaire. Autre sujet de reproche de l’organisation de défense des droits fondamentaux à l’égard des Etats-Unis: la persistance des condamnations à mort ou à de lourdes peines de prison infligées à des accusés ayant commis des crimes alors qu’ils étaient mineurs. Amnesty juge cette pratique non conforme au consensus international dans ce domaine.
En réponse, le porte-parole de la Maison blanche, Tony Snow, a dit que que les Etats-Unis sont sincères dans leurs efforts pour garantir le respect des droits des détenus à Guantanamo et ailleurs. Washington a toujours souligné que les prisonniers sont traités humainement et que tous les cas d’abus sont pris très au sérieux.