Le 28 mai au matin, ces groupes ont "mis le feu à des maisons, des magasins, des écoles, des édifices religieux et des bâtiments gouvernementaux" à Macomia, dans la province du Cabo Delgado, a détaillé MSF dans un communiqué.
Le centre de santé où l'organisation opérait a été "sérieusement endommagé", a précisé l'ONG.
Les 27 employés de MSF à Macomia "se sont cachés dans la brousse pendant deux jours", a ajouté MSF, précisant qu'aucun d'entre eux n'avait été blessé.
Depuis octobre 2017, des groupes islamistes désignés sous le nom d'"Al-Shabab" (les jeunes, en langue arabe) opèrent dans la province du Cabo Delgado, frontalière de la Tanzanie et riche en gisements gaziers sous-marins.
Depuis plusieurs mois, le groupe Etat islamique (EI) revendique la plupart de leurs opérations.
Ces dernières semaines, ils ont occupé brièvement plusieurs villes de la région.
"Il y a des milliers de personnes déplacées qui se cachent dans la brousse, trop effrayées pour rentrer dans leurs villages", a expliqué vendredi Caroline Gaudron Rose, cheffe de mission de MSF au Mozambique.
"La situation pourrait être extrêmement désespérée pour ceux qui ont été contraints de fuir Macomia et d'autres villages. Sans abri, sans eau potable, sans accès à des soins médicaux, ils sont extrêmement vulnérables", a-t-elle ajouté.
Les violences dans le Cabo Delgado depuis fin 2017 ont fait plus de 1.100 morts, dont 700 civils, a recensé l'ONG Armed Conflict Location and Event Data Project (Acled). Elles ont provoqué le déplacement de 200.000 personnes, selon l'ONU.